Sinopse: Mewtwo Contra-Ataca conta a história de um Pokémon criado por humanos, Mewtwo, que foi clonado a partir de um fóssil do raro Mew. No prólogo, ao ver que foi criado artificialmente, e não naturalmente, Mewtwo revolta-se, explodindo todo o laboratório de pesquisas e matando todos os cientistas que ali estavam. Por helicóptero, um homem chega e convida Mewtwo a descobrir quais são seus verdadeiros poderes, sem revelar que foi ele quem mandou criar Mewtwo. Giovanni treina Mewtwo com um aparato tecnológico que supostamente aumenta seus poderes psíquicos. Descobrindo que a armadura inibe seus poderes, Mewtwo revolta-se novamente, acreditando que os humanos não podem ser de confiança. Fugindo do campo de treinamento, ele retorna a sua ilha e declara ali seu território, onde iniciará sua conquista do mundo.
